Michaël Isabey n'a pas suivi un cursus classique de footballeur professionnel. Ainsi à 21 ans, en 1996, il est étudiant à l'Université de Besançon en DEUG pour devenir moniteur municipal de sport. Il joue en National 1 avec le BRC quand Jacky Nardin et Faruk Hadzibegic viennent le voir jouer, et, à sa surprise, lui proposent un contrat pro avec le FC Sochaux alors que Châteauroux est aussi intéressé.

Il est l'un des rares joueurs de ligue 1 à ne pas avoir joué dans une école de football. Il devient le joueur emblématique du FC Sochaux d'une fidélité à toute épreuve avec la Franche-Comté et son club. Petit à petit, il hausse son niveau de jeu et devient capitaine lors de la saison 2003-2004 qui sera couronnée par un titre en Coupe de la ligue.

Son équipe remporte la Coupe de France 2007 (il ne joue pas la finale à la surprise générale).

Il quitte le FC Sochaux, son club de toujours, le 26 juin 2009 pour le Dijon FCO et la Ligue 2. Artisan de la montée en Ligue 1, il est écarté du groupe puis son contrat est résilié le 13 octobre 2011 après deux saisons à Dijon.



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